O conjunto de microrganismos (não só bactérias) que povoam/colonizam o trato gastrointestinal (TGI) é conhecido como microbiota. Estes microrganismos estabelecem com o hospedeiro uma relação de mutualismo, em que ambos contribuem e se beneficiam. A microbiota intestinal é bastante diversificada e numerosa.
O que mais caracteriza a microbiota é o seu dinamismo sendo que este pode ser afetado por inúmeros fatores ambientais como dieta, estilo de vida, prática regular de atividade física e idade. A formação da microbiota começa no nascimento do bebê e, com o envelhecimento, ela vai sofrendo mudanças para se adequar ao ambiente em que estará exposta.
A microbiota intestinal está envolvida em funções cruciais para a homeostasia (equilíbrio) do hospedeiro, como digestão e síntese de nutrientes, desenvolvimento do sistema imunitário e trato digestivo do hospedeiro, e produção de moléculas ativas farmacologicamente. Para além disso, pode atuar como barreira contra patógenos e parece ter influência no desenvolvimento do sistema nervoso e funções cognitivas. Deste modo, uma alteração do seu equilíbrio pode causar diversas situações patológicas.
Caso haja algum desequilíbrio nesses fatores, a barreira intestinal se enfraquece e deixa intestino mais suscetível a patógenos, o que pode gerar um supercrescimento bacteriano, produção de toxinas e aumento da permeabilidade intestinal. Isso pode acarretar em alterações imunológicas e hormonais e algumas patologias inflamatórias como a Doença de Crohn e a Síndrome do intestino irritável que são autoimunes.
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