O micobioma possui diversas espécies de fungos de acordo com o local do corpo onde ele está localizado, se pegarmos como exemplo a região intestinal, ela apresenta maior quantidade dos seguintes fungos: aspergillus, fusarium, Candida, cladosporium, cryptococcus, penicillium e Pneumocystis. Mas, vale ressaltar que possíveis alterações que elevem a quantidade desses microrganismos podem resultar em processos inflamatórios e maior risco de doenças intestinais, como a doença de crohn e disbiose intestinal.
No organismo humano existem microbiotas específicas para cada região, e o fungo da cândida é encontrado na maior parte delas, porém especialmente na região da boca e intestino. Esses dois ambientes possuem uma forte relação, visto que, a todo momento estamos engolindo a saliva que é rica em microrganismos, com isso, parte dos fungos serão eliminados através da acidez estomacal e a outra parte que chegar ao intestino irá colonizá-lo.
Existem inúmeras espécies de fungos que desempenham funções positivas e negativas para o organismo do hospedeiro. Sendo assim, dentre os fungos que vem demonstrando função benéfica, é possível citar: Saccharomyces cerevisiae, pinchia kluyveri, Saccharomyces boulardii, galactomyces geotrichum, penicillium spp e neutros: zygomycetes spp. Nesse contexto, esses fungos auxiliam o bom funcionamento intestinal, melhoram a resposta imunológica, apresentam ação sobre a redução da glicemia e do colesterol LDL e protegem o organismo de alguns tipos de infecções.
No entanto, alguns tipos de fungos quando encontrados em quantidade adequada, não interferem no ambiente intestinal, mas, se estiverem em abundância, se tornam muito patogênicos. Como exemplo desses microrganismos temos: Candida spp, Candida albicanis, Candida tropicalis, fusarium spp e aspergillus spp. Ainda, dentre as alterações que eles podem promover estão: processo inflamatório, aumento da permeabilidade de membrana, reação alérgica, constipação, flatulência e distensão abdominal.
Além disso, alguns fatores podem favorecer o crescimento exacerbado dos fungos no ambiente intestinal, sendo eles: sedentarismo, consumo excessivo de álcool, carboidratos refinados e gordura saturada, baixa ingestão de fibras e uso frequente de anticoncepcionais, antiácidos e corticoides.
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