O intestino abriga diversas células imunológicas para evitar que patógenos oportunistas ultrapassem essa barreira. Na condição de SIBO as bactérias entram em contado com as células imunológicas e provocam aumento da produção de citocinas inflamatórias, alterações na mucosa intestinal e aumento da permeabilidade do intestino.
Nesse contexto, o intestino dos indivíduos com SIBO apresenta menor quantidade de tight junctions (proteínas que unem as células umas nas outras) e devido isso, a passagem de toxinas, alimentos mal digeridos e metabólitos pró inflamatórios, pode desencadear uma resposta imunológica com atividade inflamatória. Além disso, a menor produção de muco, IgA secretora e peptídeos antimicrobianos, favorecem ainda mais o quadro inflamatório.
Devido a isso, é possível compreender que o processo inflamatório iniciado no intestino foi capaz de desencadear uma inflamação de forma sistêmica, visto que, os fatores inflamatórios estão sendo produzidos em diversos tecidos do corpo além do intestino. Através disso, o indivíduo pode ter gatilhos para desenvolver outras condições como diabetes mellitus, doenças autoimunes, depressão, atrite reumatoide, esclerose múltipla, obesidade e diversas outras doenças metabólicas.
Ainda, outro evento que também ocorre na SIBO é a redução de enzimas dissacaridases. Essas enzimas atuam na quebra das moléculas de lactose e sacarose, e devido a sua menor atuação, essas moléculas ficam ainda mais disponíveis para fermentação pelas bactérias oportunistas, resultando no aumento da fermentação intestinal, produção de gases e colonização bacteriana.
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